Anthropic 已指出限制 AI 代理在生物研究中部署的基礎設施障礙，並提出系統設計改進方向，以加速科學發現。這篇研究部落格文章聚焦於當前生命科學資料環境與自動化 AI 系統需求之間的落差。
生物資料基礎設施的現有限制
Anthropic 的分析指出，生物研究資料基礎設施主要是為人工操作而設計，因而對 AI 代理形成阻礙。現有的生物資料庫與分析工具依賴網頁介面、不規則的 API 回應，以及非標準化資料格式，這些設計預設需要人類進行解讀與介入。在這樣的環境中，AI 代理在嘗試以可重複、可靠的方式查詢資料與執行分析流程時，會受到限制。
生物研究依賴多樣且異質的資源，包括基因組序列資料庫、蛋白質結構儲存庫、實驗流程文件，以及文獻資料庫。這些資源採用不同的存取方式、查詢語言與資料格式，版本控制與可重現性保證也不一致。人類研究者透過經驗與情境理解來管理這種複雜性，但 AI 代理若要有效運作，則需要明確的介面與可預測的行為。
代理友善基礎設施的核心組成
Anthropic 提出的第一個關鍵要素是決定論式執行層。這指的是一種能保證相同輸入產生相同輸出的系統設計。在生物分析工作流程中，可重現性是科學有效性的基本要求，但目前許多工具與資料庫可能會因查詢時間、伺服器狀態或快取政策不同而回傳不同結果。決定論式執行層可讓 AI 代理精確重現實驗、追蹤錯誤，並驗證結果可靠性。
第二個組成部分是對生物資料庫的可靠存取。許多公開生物資料庫目前面臨速率限制、不可預測的停機、非標準 API，以及文件不完整等問題。若要讓 AI 代理執行大規模資料分析，標準化 API、清楚的錯誤處理、版本管理，以及資料來源追蹤都不可或缺。Anthropic 強調，生物資料提供者應採用 API 優先設計、明確的 schema 定義，以及一致的驗證與存取控制機制。
第三個要素是可供代理使用的科學發現情境引擎。生物研究需要大量背景知識、實驗流程、領域專門術語與研究情境。人類研究者透過多年教育與經驗累積這些知識，但 AI 代理需要以結構化且可存取的形式取得情境資訊。情境引擎會整合相關文獻、實驗中繼資料、領域本體與流程資料庫，使代理能夠擷取並運用適當的背景資訊。
用於加速科學發現的系統設計
Anthropic 的提案不僅著眼於技術便利性，也可能改變科學發現的速度與規模。若 AI 代理能與生物資料基礎設施順暢互動，便可在從假設生成、實驗設計、資料分析到結果解讀的過程中協助人類研究者，或自動化其中部分環節。特別是在大規模基因組分析、藥物候選物篩選，以及蛋白質功能預測等計算密集型任務上，預期會有較顯著的影響。
然而，這些基礎設施改進需要相當大的協調成本與標準化努力。多數生物資料提供者屬於學術機構、政府機關或非營利組織，並在有限資源與既有系統限制下運作。API 標準化、資料品質提升與基礎設施現代化，都需要額外投資與社群共識。同時，也需要並行討論如何在提升資料可近性的同時，兼顧隱私保護、避免資料濫用，以及研究倫理。
基礎設施改善的實施挑戰
建構代理友善基礎設施，既是技術設計問題，也是組織協調問題。生物資料庫是在數十年間逐步建立而成，各自擁有獨立的維護單位與資金來源。要在這些系統之間達成標準化，需要研究社群、資助機構與資料庫營運者之間廣泛的共識。建立 API 一致性、資料格式標準與中繼資料要求的共同框架，是一項不太可能迅速完成的工作。
實作決定論式執行層，可能與既有系統設計哲學產生衝突。許多生物工具優先考量彈性，以支援探索性研究，而將嚴格可重現性留給個別研究者負責。若要在系統層級保證決定性，可能需要對快取策略、資料版本管理與依賴追蹤進行根本性重設。這會影響既有使用者工作流程，因此需要審慎的轉換規劃。
情境引擎的建置帶來複雜的知識工程挑戰。生物知識不只是事實的集合，而是由實驗條件、詮釋情境與領域慣例交織而成的複雜網絡。要將這些知識結構化為 AI 代理可用的形式，需要領域專家與 AI 開發者密切合作。同時，也必須建立持續更新知識與品質控管的機制。
產業與研究社群的回應
Anthropic 的提案顯示，AI 公司不僅關注模型效能提升，也在辨識實際應用領域中的基礎設施限制，並提出改善方向。生物研究社群如何接受並落實這些提案，將是決定 AI 驅動科學研究進展速度的重要因素。資料庫營運者、研究機構與標準制定組織之間的合作，是否能產生實質進展，仍有待觀察。
對代理友善基礎設施的呼籲，反映出一項更廣泛的認知：若缺乏相應的資料與運算環境改善，AI 能力本身仍不足以發揮作用。由於資料類型多樣、實驗可重現性重要，以及需要深厚領域知識，生物研究面臨特別複雜的挑戰。要處理這些挑戰，需要多方利害關係人持續投入。
決定論式執行層的概念，回應了生物運算中的一項基本張力：探索性研究需要彈性，而已驗證的發現則需要嚴格可重現性。現有系統往往偏重其中一端而犧牲另一端。若基礎設施以決定性為核心原則設計，AI 代理將能更有效地處理這種張力，維持詳細的來源記錄，並使運算實驗得以精確複製。
可靠的資料庫存取是另一項關鍵瓶頸。API 不一致、文件不完整與可用性不可預測，往往反映的是資源限制，而非設計選擇。改善這種情況需要持續資金與制度承諾，並可能包括支援重要研究基礎設施的新模式。
